Высочайшим повелением в декабре 1806 года утверждено пребывание римско-католического священника в Томске. Первым настоятелем Томского прихода Могилевской епархии был назначен с 1807 года супериор Иезуитского ордена о. Маркелл Каминский.

Пока в Томске, как и в Сибири вообще, католиков было мало, и они находились в среде служилого сословия по преимуществу, они довольствовались для своих религиозных потребностей наемными помещениями. Известно, что в частном доме на Духовской улице (ныне ул. К.Маркса, 5) совершались католические молебны.

С 30-х годов XIX века, когда после польских восстаний Томск наводнился ссыльными поляками, потребность иметь свою церковь становится острой. Католики выражают желание построить своими руками небольшой, но каменный храм. В этом желании они встретили поддержку своего настоятеля о. Ремигия Апонасевича (1825–1835). Так как строители были людьми необеспеченными (и могли уделять строительству только свободное от основной работы время, что отдалило бы на неопределенное время окончание постройки храма), священник на подводе объезжал свой необъятный приход, простиравшийся почти до Омска, собирая пожертвования в деньгах и продуктах, таким образом обеспечивая строителей. Жертвователями были не только католики, но и православные, воспринимавшие строительство храма как Божье дело.

Ещё в 1819 году Томской католической церкви был отведен участок земли в конце Воскресенской горы по Ефремовской улице (ныне Бакунина). Именно этот красивейший уголок старого Томска, где в 1604 году был возведен «Томский город» и «острог», был избран местом постройки храма.

Постройка храма

Строительство каменного храма в венецианском классическом стиле было завершено в 1833 году, и он был освящен 1 октября 1833 года настоятелем о. Ремигием Апонасевичем в честь Пресвятой Богородицы Покровской.

Община постоянно росла, поэтому храм неоднократно достраивался, изменялось и его убранство. В 1843 году настланы новые деревянные полы, в 1863 пристроено каменное отделение для ризницы, в 1880 деревянные кресты заменены на железные с вызолоченными шариками, в 1883 сооружены десять дубовых скамеек и барьер из резного дуба, отделявший алтарь от церкви. В эти же годы были возведены все необходимые жилые и хозяйственные постройки.

В 1856 году, по проекту Гавриила Батенькова, была построена звонница (кампанелла) из кирпича в виде ворот, с тремя колоколами над ними (третий колокол — в 2 пуда).

В 1862 году был приобретен первый духовой орган, установленный каноником Энгельгардтом. Второй, более мощный, — в 1902.

Алтарным образом храма была точная копия картины Рафаэля «Преображение», оригинал которой хранится в музее Ватикана. Костелу была приписана готическая часовня св. Антония на католической стороне Вознесенского кладбища (ныне ул. Пушкина, 44).

К 1900 году храм уже не удовлетворял потребностей многонациональной Томской католической общины, которая к тому времени насчитывала 4000 человек.

При проезде через Томск викарного епископа Могилевской епархии Цепляка был разрешен вопрос о постройке в Томске второго католического храма, проект которого был утвержден Министерством внутренних дел.

Но этому проекту не суждено было воплотиться, из-за событий, потрясших Россию и весь мир в 1917 году.

Годы гонений

В 1937 году томский костел был закрыт (последним из двух десятков католических храмов Томской области). Последний настоятель Юлиан Гронский был арестован и выслан из страны. Томские католики подверглись жестоким репрессиям, ссылкам в лагеря, и многие в эти годы кровью засвидетельствовали верность Христу и Его Церкви. Вся церковная утварь, три алтаря, восемь больших икон, церковная мебель, орган, архив бесследно исчезли.

В течение последующего полувека храм попеременно эксплуатировался как клуб, овощехранилище, службы ДОСААФ, планетарий.

Более 50 лет католики собирались на молитву в частных домах, рискуя стать жертвами доносов и подвергнуться новому насилию со стороны властей. И лишь немногие священники подпольно приезжали в эти годы в Томск, по мере возможности духовно окормляя местную паству.

Мы не знаем имен тех, кто рисковал своей жизнью, но их дела остаются для нас живым свидетельством веры.

Возрождение храма

В 1990 году, на Пасху, после 34 лет непрерывного ходатайства, храм был возвращен общине. После ремонта, совершенного силами прихода, в октябре 1991 года, в праздник Пресвятой Богородицы Покровской, Его Преосвященство епископ Иосиф Верт, Апостольский Администратор католиков азиатской части России, вновь освятил храм.

В это же время в общине начали свою работу сестры ордена служительниц Христа в Евхаристии. Они готовят взрослых и детей к принятию церковных таинств, заботятся о внутреннем убранстве храма, занимаются подготовкой к богослужению.

Сегодня община объединяет более 400 человек: русских, украинцев, белорусов, поляков, немцев, латышей, литовцев, армян, ассирийцев, а также более 30 небольших приходов, разбросанных по всей Томской области.

В 1994 году община отремонтировала здание бывшего католического сиротского приюта по улице Бакунина 7, и организовала приют для одиноких престарелых людей с бесплатной столовой для бездомных. Здесь свое служение совершают монахини миссионерки любви к ближнему Матери Терезы.

В феврале 1997 в храм с паломнической миссией была доставлена чудотворная статуя Фатимской Божьей Матери. Редкие города мира становятся свидетелями такого события.